有机化学学科于五十年代初期洪盈教授等带领下创立，经过50多年的不懈努力和艰苦奋斗，在在国内医药院校中已成为著名的有机化学教育和科研中心之一。有机化学学科长期以来依托我们学校药物化学学科，1981年开始招收药物化学硕士研究生，1990年开始招收药物化学专业博士研究生。2005年获得有机化学专业硕士授予权。
有机化学学科现有研究方向有：有机合成化学、天然有机化学、金属有机化学、生物有机化学和杂环化学。有机化学学科现有教授8人，副教授12人，具有博士学位12人，共计拥有教学、科研人员20多人，现有科研条件较好，常用仪器设备较为齐全，备有多台高效液相色谱仪、气相色谱仪、旋光仪等大型仪器，具有完成一般分离、合成及分析实验能力，同时还拥有计算机图形工作站和许多化学数据库。近三年来，有机化学学科共承担各类科研项目20余项，其中：国家自然科学基金4项，国家“863”计划1项。在国外重要学术刊物和国内核心刊物上发表论文60余篇，多次参加国际学术会议，获得省部级科技奖励4项，出版教材、著作4部。

研究方向一：有机合成化学
众所周知，当一个手性化合物进入生命体时，它的两个对映异构体通常会表现出不同的生物活性。对于手性药物，一个异构体可能是有效的，而另一个异构体可能是无效甚至是有害的。例如德国一家制药公司在上世纪五十年代开发的一种治疗孕妇早期不适的药物——反应停，药效很好，但很快发现服用了反应停的孕妇生出的婴儿很多是四肢残缺。虽然各国当即停止了反应停的销售，但已经造成了数以千计的儿童畸形。后来发现反应停中一种构型有致畸作用，而另一构型没有致畸作用。很明显，研究手性化合物对于科学研究以及人类健康有着重要意义。2001年诺贝尔化学奖美国科学家威廉·诺尔斯与日本科学家野依良治以及美国科学家巴里·夏普莱斯，以表彰他们在“手性催化氢化反应”和“手性催化氧化反应”领域所作出的贡献，这正表明不对称合成正在发展成为目前最热门的研究课题之一。
本研究方向的主要内容：以国际医药新产品为先导，以我校医药技术为依托，侧重关注心脑血管类药物、抗肿瘤药物、抗病毒药、抗生素类等药物和农药，研究和开发具有市场潜力和技术含量的不对称合成技术，形成了原料价廉易得，反应条件温和，操作控制容易，成本低，产率高并具有较高利润率的工业生产技术；同时注重创新，改进现有医药产品的生产工艺，探索新技术，开发具有知识产权的产品。
本研究方向的主要特色：本研究方向以程卯生教授、宫平教授等为学术带头人和学术骨干，目前承担 国家“863”计划、国家自然科学基金等项目，同时开展与国内外企业合作，以新药研究和开发为前提，主要利用不对称合成技术以及酶技术等解决新药研究与开发过程存在的技术难题，同时获取具有知识产权的技术和产品。
本研究方向的学术地位、作用和意义：我们学校的医药技术和医药新产品开发在我国的医药工业界具有重要学术影响，目前本研究方向研究人员已经成功地进行了一些不对称合成研究，在国际著名学术刊物例如Tetrahedron，Tetrahedron Asymmetry，Chemical Communications，Tetrahedron Letters，Journal of Organic Chemistry，Journal of American Chemical Society上发表多篇学术论文，目前正在进行深入研究，为应用于医药产品工业化做好技术准备，对我国医药产品进入国际市场，参与国际竞争奠定技术基础，将具有战略意义并产生巨大的社会效益和经济价值。

研究方向二：天然有机化学
大自然种类繁多的植物、动物和微生物，为人类造就了各式各样的化合物，这些天然产物是现代新药发现的重要来源。1805年从阿片生物碱中提纯吗啡，标志着单体化合物作为新药来源时期的开始。随后相继发现许多种优秀天然药物用于临床，例如地高辛(强心药)，奎宁(抗疟药)，可卡因(麻醉药)，长春碱和长春新碱(抗癌药)等等。经验表明，对天然产物进行深入系统的化学与生物活性研究，对于发现临床上有用的原型药物存在极大的机会；发现具有开发前景的结构新类型作为先导化合物，对其结构进行修饰和优化以发现新药，更是一条容易取得成功的道路。例如，瑞士Sandoz公司从鬼臼毒素及其衍生物的研究，相继开发出两个抗肿瘤药物足叶乙甙和足叶噻吩甙，分别作为小细胞肺癌和脑癌的首选药物；该公司还对麦角生物碱进行长期系统地研究，从欧洲麦角分离出麦角胺和麦角新碱，将天然麦解碱α-麦角隐亭溴化，开发成功溴隐亭，临床作为高泌乳素血症引起的闭经、乳溢综合症特异安全治疗剂。我国科学家从野生植物黄花蒿分得抗疟有效成分青蒿素，对恶性疟和脑型疟效果显著，结构优化的衍生物蒿甲醚和蒿琥酯抗疟效果更佳，耐受性更好，这些产品已上市多年，已引起国际广泛注意。
本研究方向的主要内容：用现代方法和手段，研究中药中次生代谢产物的提取、分离、结构测定，寻找中药及天然产物中的活性物质，阐明中草药药效作用物质基础。通过生物活性研究，不仅阐明了中药药效成分，而且发现了可供开发成新药的化学单体或有效部位；在分子生物学及生命科学研究取得的成果的基础上，采用新的活性筛选体系，从中药及天然药物中筛选、追踪新的活性成分，通过其构效关系发现前体药物，为新药研究提供先导化合物，并进行构效关系、结构修饰的研究，在此基础上进行全合成研究工作，进一步扩大生成化学品的多样性，促进先导化合物的发现；围绕对重大疾病具有防治前途的药物进行开发研究，推其上市；或通过对某类活性成分的研究，改进已上市新药的工艺路线，以求更大的经济和社会效益。
本研究方向的主要特色：本研究方向以华会明教授、王金辉教授等为学术带头人和学术骨干，目前承担国家自然科学基金等项目，同时开展与国内外企业合作，通过活性成分追踪，发现新的具有生物活性天然产物，促进先导化合物的发现，结合我校医药技术，开展多学科协作，并进行构效关系、天然产物的全合成和结构修饰的研究，创建一个有保障的天然产物的供应来源，为新药发现奠定基础。

研究方向三：金属有机化学

金属有机化学是无机化学和有机化学两大学科之间的交叉学科，随着科学理论和实验技术的提高，金属有机化学已成为当今最活跃的化学学科之一。二十世纪五十年代Ziegler-Natta催化剂的发现和具有特殊结构和类似芳烃的二茂铁得到了制备和结构确证，有力地推动了金属有机化学的蓬勃发展。现已发现，周期表中几乎所有金属元素都能和碳结合，形成不同形式的金属有机化合物。金属有机化合物可以成功地为价键理论的研究工作提供大量新颖物种，特别是金属有机化合物以其独特的理化特性和生物活性，已经被广泛用作新试剂、新催化剂、新药物和新材料等。
金属有机化合物与医药关系也十分密切， 一方面金属有机化学为药物合成提供了新方法、新试剂，另一方面金属有机化合物直接参与人体的生化过程，发展了众多的金属有机药物。
本研究方向的主要内容：本研究方向以金属有机化学和配位化学的基本理论和方法为基础，以金属有机化合物的潜在应用为目标，利用金属有机化学与结构化学、环境科学、生命科学和材料科学等多学科交叉的边缘学科性质，进行金属有机化合物的合成、表征和性质研究，特别是金属有机化合物作为合成试剂、金属有机化合物参与的合成新方法、金属有机催化剂、金属有机化合物的药用和导向合成的金属有机化合物的研究。
本研究方向的主要特色：本研究方向以胡春教授、许佑君教授等为学术带头人和学术骨干，目前承担国家自然科学基金等项目，同时开展与国内外企业和学术机构合作，在有机锡化合物、有机硒化合物、过渡金属有机化合物和过渡金属配合物等方面开展了一些创新性的基础研究，重点以金属有机化合物的药用研究和金属有机化合物参与的合成新方法和金属有机催化剂的研究和开发。
本研究方向的学术地位、作用和意义：本研究方向的学术带头人和学术骨干均为国内综合性大学硕士或博士毕业，并且具有药学专业的博士学位或药学领域工作多年的经验，重视与国内外的学术交流和合作，开展金属有机化合物的药用研究和金属有机化合物应用于药物的合成研究，将具有显著的学科交叉和学术合作的优势，其研究成果对金属有机化学的发展具有理论意义，对金属有机化合物的应用前景具有指导意义。