为进一步加强学科建设，促进新兴、交叉学科的发展，鼓励学位授予单位根据人才需求状况调整学科、专业结构，国务院学位委员会和教育部决定开展在博士学位授权一级学科范围内自主设置学科、专业的改革试点工作。根据学位[2002]47号文件和学位办[2002]84号文件的规定，2003年学校在具有博士学位授予权的一级学科点内自主设置了部分学科专业，经国务院学位办备案公布，增加以下自主设置二级学科专业：

药学
临床药学 100725
天然药物化学 100721
药事管理学 100722
中药学
中药分析学 100825
中药化学 100820
中药鉴定学 100824
中药炮制学 100826
中药生物技术学 100821
中药药理学 100822
中药制剂学 100823
中药资源学 100827